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Finanzierung: Steuern, Krankenkassen und Budgets für Gesundheitsprogramme mit Genanalysen

Fachlich geprüft von Dr. Daniel Wallerstorfer, Molekularbiologe und Gründer von Novogenia · Stand: 15. Oktober 2026 · Lesezeit: 8 Min.

600 Euro steuerfrei – aber nicht für alles

600 Euro im Kalenderjahr: So viel kann ein Unternehmen in Deutschland pro beschäftigter Person steuerfrei für deren Gesundheit ausgeben (§ 3 Nr. 34 EStG). Das klingt nach dem perfekten Topf für ein Programm mit Genanalysen. Ein genauer Blick lohnt sich trotzdem, denn der Topf hat einen Deckel mit klaren Regeln.

Denk an ein Haus. Die Genanalyse ist der Türöffner: Sie macht Gesundheit persönlich und weckt bei vielen Mitarbeitenden erst das Interesse, durch die Tür zu gehen. Gefördert werden aber – wenn überhaupt – die Räume dahinter: Kurse und Workshops zu Bewegung, Ernährung und Stressbewältigung, die bestimmte Kriterien erfüllen.

Wir versprechen dir deshalb keine Steuer- oder Fördervorteile für Genanalysen. Was wir dir geben, ist ein ehrlicher Überblick über die Regeln in Deutschland, Österreich und der Schweiz – damit dein Budget hält, was es verspricht.

Deutschland: Was § 3 Nr. 34 EStG verlangt

Die Steuerbefreiung hat vier Bedingungen. Alle müssen erfüllt sein:

Die Kriterien des GKV-Spitzenverbands stehen im Leitfaden Prävention (Fassung vom 17. Dezember 2025). Er fasst selbst zusammen: Steuerfrei sind Arbeitgeberleistungen für zertifizierte Leistungen zur verhaltensbezogenen Prävention – also etwa anerkannte Kurse – sowie für Leistungen zur Gesundheitsförderung im Betrieb, die den Kriterien des Leitfadens entsprechen.

Und die Genanalyse? Ein ehrlicher Blick

Hier wird der Leitfaden sehr konkret. Bei Ernährungsangeboten schließt er eine Förderung ausdrücklich aus, wenn es um Folgendes geht:

• Werbung für Produkte und ihren Verkauf,
• den Einsatz von Nahrungsergänzungsmitteln, Formula-Diäten und anderen Produkten,
• spezielle Messungen von Stoffwechselwerten, genetische Analysen oder Allergietests.

Ähnliche Ausschlüsse gelten für Kurse zur Gewichtsreduktion, und verhaltenspräventive Ernährungsmaßnahmen in der betrieblichen Gesundheitsförderung richten sich ausdrücklich nach denselben Kriterien. Für die betriebliche Gesundheitsförderung schließt der Leitfaden außerdem unter anderem isolierte Maßnahmen externer Anbieter aus, die nicht in ein Gesamtkonzept eingebunden sind, sowie Aktivitäten, die einseitig Werbezwecken für bestimmte Produkte dienen.

Daraus lässt sich ableiten: Plane weder die Genanalyse noch personalisierte Nahrungsergänzung als steuerfreie oder kassengeförderte Leistung ein. Das ist kein Grund zur Enttäuschung – es ist eine klare Arbeitsteilung. Die Genanalyse gibt den persönlichen Anstoß, das Unternehmen finanziert sie aus seinem eigenen Budget. Die Kurse und Workshops, die aus dem Anstoß gelebte Gewohnheiten machen, können förderfähig sein, wenn sie die Kriterien erfüllen. Welche Analysen sich für Mitarbeitende eignen, zeigt Welche Angebote zu Mitarbeitenden passen.

Krankenkassen: Unterstützung für Strukturen, nicht für Produkte

Gesetzliche Krankenkassen fördern betriebliche Gesundheitsförderung mit Leistungen – vor allem beim Aufbau und bei der Stärkung gesundheitsförderlicher Strukturen (§ 20b Abs. 1 SGB V). Dafür erheben sie gemeinsam mit den Beschäftigten, den Verantwortlichen im Betrieb, Betriebsärzten und Fachkräften für Arbeitssicherheit die gesundheitliche Situation, entwickeln Verbesserungsvorschläge und unterstützen die Umsetzung. Für Kurse zur individuellen Prävention im Betrieb gilt die Zertifizierungspflicht entsprechend (§ 20b Abs. 1 Satz 3 mit § 20 Abs. 5 Satz 1).

Ein guter erster Kontakt sind die regionalen BGF-Koordinierungsstellen der Krankenkassen: Sie informieren Unternehmen über die Leistungen und klären, welche Krankenkasse im Einzelfall Leistungen im Betrieb erbringt (§ 20b Abs. 3 SGB V).

So kann eine sinnvolle Kombination aussehen: Die Krankenkasse unterstützt Bestandsaufnahme und förderfähige Kurse, das Unternehmen bezahlt die freiwillige Genanalyse selbst. Versicherungen, die ihren Mitgliedern Analysen als eigenen Präventionsbaustein anbieten, sind ein anderes Modell – mehr dazu in Für BGF-Anbieter, Versicherer und Berater.

Sachbezug und Lohnsteuer: Was die Lohnbuchhaltung prüft

Greift § 3 Nr. 34 EStG nicht, landet die Frage bei der Lohnbuchhaltung. Eine Regel, die dabei oft geprüft wird, ist die monatliche Freigrenze für Sachbezüge: Sie bleiben außer Ansatz, wenn die Vorteile insgesamt 50 Euro im Kalendermonat nicht übersteigen (§ 8 Abs. 2 Satz 11 EStG). Das ist kein Gesundheitsprivileg, sondern eine Grenze für alle Sachbezüge eines Monats zusammen. Ob und wie ein Angebot dazu passt, hängt davon ab, was das Unternehmen sonst schon gewährt – das klärt die Steuerberatung.

Ein Punkt wird dabei gern übersehen: Muss eine Leistung pro Person lohnsteuerlich erfasst werden, muss die Lohnbuchhaltung wissen, wer sie bekommen hat. Das kann mit dem Ziel kollidieren, dass das Unternehmen möglichst wenig über die Teilnahme erfährt. Kläre deshalb früh mit Steuerberatung und Datenschutzbeauftragten, wie sich Lohnsteuer und Vertraulichkeit vereinbaren lassen. Mehr dazu in Datenschutz und Vertraulichkeit der Ergebnisse.

Österreich und Schweiz: eigene Regeln

Österreich: Steuerfrei ist der geldwerte Vorteil aus zielgerichteter, wirkungsorientierter Gesundheitsförderung (Salutogenese) und Prävention, soweit diese vom Leistungsangebot der gesetzlichen Krankenversicherung erfasst sind – vorausgesetzt, der Arbeitgeber stellt sie allen Arbeitnehmern oder bestimmten Gruppen zur Verfügung (§ 3 Abs. 1 Z 13 lit. a EStG 1988). Die entscheidende Frage ist also, ob ein Angebot vom Leistungsangebot der gesetzlichen Krankenversicherung erfasst ist. Kläre das für die Genanalyse vorab mit der Steuerberatung, statt sie als steuerfrei einzuplanen. Die Krankenversicherungsträger bieten zudem Gesundheitsförderungs- und Präventionsprogramme an, gezielt für Gruppen und abgestimmt auf deren Lebenswelten (§ 154b ASVG) – ein möglicher Ansprechpartner für begleitende Bausteine.

Schweiz: Die Krankenversicherer fördern die Verhütung von Krankheiten und betreiben gemeinsam mit den Kantonen eine Institution, die Maßnahmen zur Gesundheitsförderung anregt, koordiniert und evaluiert (Art. 19 KVG). Finanziert wird sie über einen jährlichen Beitrag jeder obligatorisch versicherten Person (Art. 20 KVG). Eine Förderung einzelner Genanalysen im Betrieb solltest du daraus nicht ableiten. Eine eigene Steuerbefreiung für Gesundheitsleistungen von Arbeitgebern wie in Deutschland oder Österreich nennen wir für die Schweiz nicht; kläre die Behandlung mit deiner Treuhand oder Steuerberatung.

Das Budget planen – ohne falsche Versprechen

Ein Programm besteht aus mehr als der Analyse. Diese Bausteine gehören in die Planung:

• Information: etwa ein Vortrag zum Thema Ernährung und Gene als Auftakt.
• Analysen: freiwillig, mit direkter Anmeldung beim Labor oder Partner.
• Begleitung: Workshops zu Bewegung, Schlaf und Ernährung, freiwillige Einzelberatung durch externe Fachleute – hier liegen die Chancen auf Förderung.
• Recht und Datenschutz: Prüfung für jedes Land, in dem Mitarbeitende teilnehmen.
• Kommunikation: Einladung und Informationsmaterial, die zur Teilnahme ohne Druck einladen.

Für die Frage, wer was bezahlt, gibt es mehrere Wege: Das Unternehmen trägt Analyse und Begleitung, es trägt nur die Begleitung und die Mitarbeitenden bestellen die Analyse selbst, oder eine Mischung. Personalisierte Nahrungsergänzung bleibt in jedem Modell eine private, freiwillige Entscheidung. Und in jedem Modell gilt: Der Arbeitgeber bekommt die Rechnung, nicht das Ergebnis.

Lege intern früh fest, aus welchem Topf das Programm bezahlt wird – etwa aus dem Budget für betriebliche Gesundheitsförderung oder für Mitarbeiterleistungen – und wer die Rechnung prüft. Am besten ist das eine Stelle, die keine Personalentscheidungen trifft. So bleibt auch die Abrechnung auf der richtigen Seite der Brandmauer zwischen Gesundheit und Arbeitsverhältnis.

Starte mit einer überschaubaren Gruppe, etwa einem Standort oder einer Abteilung, und bewerte den Pilot über Teilnahme und anonyme Rückmeldungen – nicht über Gesundheitsversprechen. Wie das konkret geht, zeigen Nutzen und Wirkung messen und Ablauf im Unternehmen: vom Kick-off zum Ergebnis.

Checkliste Finanzierung

• Die Steuerberatung hat geprüft, wie Analyse, Begleitangebote und gegebenenfalls Nahrungsergänzung steuerlich zu behandeln sind.
• Niemand plant mit Steuerfreiheit oder Kassenförderung für die Genanalyse selbst.
• Förderfähige Bausteine wie zertifizierte Kurse sind mit der Krankenkasse oder der BGF-Koordinierungsstelle abgestimmt.
• Leistungen nach § 3 Nr. 34 EStG kommen zusätzlich zum Lohn, nicht per Gehaltsumwandlung.
• Lohnsteuerliche Erfassung und Vertraulichkeit der Teilnahme sind miteinander vereinbart.
• In Österreich und der Schweiz sind die eigenen Regeln geklärt.
• Das Budget umfasst Information, Analysen, Begleitung, rechtliche Prüfung und Kommunikation.
• Kein Teil des Programms verspricht Gesundheitsergebnisse oder Kostenersparnis.

Häufige Fragen

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Hinweis: Dieser Ratgeber dient der allgemeinen Information für Unternehmen und Fachleute und ersetzt keine ärztliche oder rechtliche Beratung. Die in einer Genanalyse bestimmten genetischen Eigenschaften sind wissenschaftlich gut belegt (jedes berücksichtigte Gen durch mindestens drei unabhängige Studien); daraus abgeleitete Empfehlungen sind logische Schlussfolgerungen und nicht wissenschaftlich bewiesen. Rechtliche Vorgaben können sich ändern; Irrtümer und Änderungen vorbehalten.